Zadnje četiri epizode Ratova klonova odvijaju se u isto vrijeme kad i Osveta Sitha, posljednji film trilogije prequel Ratovi zvijezda. Ovo uključuje Naredbu 66 i pad Jedi reda.
Nepoznati aspekt Ratova zvijezda bio je kako je omiljena obožavateljica Ahsoka Tano preživjela Naredbu 66. Posljednje dvije epizode serije pokazuju kako je Ahsoka pobjegla.
Razbijeno
U devetoj i desetoj epizodi sezone, Darth Maul je postavio zamku s namjerom da ubije Anakina Skywalkera prije nego što ga Darth Sidious uspije okrenuti na mračnu stranu. Međutim, Anakin je bio zauzet spašavanjem kancelara Palpatinea od generala Grievousa kao što je prikazano u uvodnoj sekvenci Osvete Sitha. Pa se Ahsoka umjesto toga suočila s Maulom. Deseta epizoda završava Maulovim hvatanjem.
Voner serije Dave Filoni rekao je za Entertainment Weekly: "Nešto što već dugo želim učiniti je da kraj Ratova klonova bude ova koincidirajuća priča koja uokviruje gdje neki od ovih ljudi koji nisu bili u filmovi jesu. Zato što mislim da je samo to valjano pitanje: Gdje su bili ti dečki? Ahsoka se činila važnom, pa je li pozvana da se pridruži Sithu? Gdje je bio Rex? Osjećao sam da treba odgovor jer su, nakon toliko epizoda i priča, očito tako veliki dio života Anakina i Obi-Wana."
U jedanaestoj epizodi, pod naslovom "Shattered", Ahsoka pokušava dovesti Maula na Coruscant sa zapovjednikom klonova po imenu Rex i bataljunom vojnika klonova. Pojavljuje se još poveznica na Revenge of the Sith. Rekreirana je scena iz filma; u sceni, Mace Windu i Yoda raspravljaju o Palpatineu i njegovom uklanjanju s dužnosti nakon poraza generala Grievousa s ostalim članovima Jedi vijeća. Scena je proširena sljedećom raspravom s Ahsokom.
Dok još putuju svemirom, Ahsoka i Maul oboje osjećaju pad Ahsokinog bivšeg gospodara. Stvarna snimka dijaloga iz Osvete Sitha s Haydenom Christensenom, Samuelom L. Jacksonom i Ianom McDiarmidom kao njihovim likovima koji igraju preko scene.
Slijedeći Anakinov red, Sidious aktivira Naredbu 66. Inhibitorski čipovi postavljeni su u svakog vojnika klona. Kada se objavi Naredba 66, prisiljeni su ubiti svakog Jedija protiv svoje volje. Nakon izdavanja zapovijedi, Rex i njegovi klonovi napadaju Ahsoku.
Pobjeda i smrt
Pošto je Rexu vraćena slobodna volja, njih dvojica pokušavaju pobjeći s krstarice Republic u finalu serije pod nazivom "Pobjeda i smrt". Ovo dodatno komplicira Maul koji uništava brodski hiperpogon. To čini kruzer prilično beskorisnim jer ga vuče gravitacija mjeseca.
Dok se krstarica kreće prema površini Mjeseca, Maul bježi koristeći šatl vjerojatno do Vanjskog ruba gdje postaje poznat kao Crimson Dawn kao što se vidi u Solo: Priča iz Ratova zvijezda.
Rex i Ahsoka koriste Y-Wing kako bi sigurno sletjeli na površinu Mjeseca dok se kruzer sruši ubijajući sve klonove na brodu. Njih dvoje pokapaju svoje pale suborce, a Ahsoka ostavlja svoju svjetlosnu sablju na grobu.
Epizoda završava s bataljunom jurišnih trupa koji istražuju mjesto nesreće sada prekriveno snijegom. Darth Vader je s njima. Vader pronalazi Ahsokin svjetlosni mač; onaj koji joj je poklonio u "Stari prijatelji nisu zaboravljeni", devetoj epizodi posljednje sezone.
Filoni je za ABC News rekao: "Nadam se da će obožavatelji otići s jedne razine vrlo zadovoljni, i nadam se da će otići s većim razumijevanjem, posebno Jedija i sile i što sve to znači u ovoj priči. Stvarno se radi o znakova na kraju."
Nakon Ratova klonova
Ahsokina priča nastavlja se nakon serije. Roman Ahsoka, E. K. Johnston, prati Ahsokino putovanje godinu dana nakon Naredbe 66 i govori kako je upoznala Baila Organu, Leiinog usvojenog oca, i pridružila se pobuni.
Ahsoka se pojavljuje u prve dvije sezone Pobunjenika Ratova zvijezda koje se odvijaju 14 godina nakon Ratova klonova kao agentica pobunjenika. Tijekom druge sezone, Ahsoka otkriva istinu da je njezin bivši gospodar, Anakin Skywalker, Darth Vader. Njih dvoje se svađaju i Ahsokina je sudbina ostala nejasna. Međutim, u četvrtoj sezoni otkriveno je da je Ahsoku spasio Ezra, glavni lik serije. Ahsoka doživi kraj carstva.
Ahsoka je glumila kameju u filmu The Rise of Skywalker i priča se da će se pojaviti u drugoj sezoni Mandalorianca.
